Evropska komisija je zaprla kršitev glede neizpolnjevanja obveznosti iz Direktive o habitatih zaradi pomanjkljive opredelitve območij Natura 2000. Slovenija je namreč leta 2013 in 2016 z vladnim predpisom dopolnila predloge omrežja Natura 2000, Komisija je te dopolnitve preverila in sedaj postopek kot uspešno rešen zaključila.
Ob vstopu v EU leta 2004 je Slovenija EK predložila območja Natura 2000 po Direktivi o pticah in predloge za območja po Direktivi o habitatih. Na biogeografskih seminarjih leta 2005 in 2006 je EK ob podpori Evropske agencije za okolje iz Pariza v sodelovanju z nevladnimi organizacijami in predstavniki lastnikov preverjala zadostnost teh predlogov. Ker ugotovljenih pomanjkljivosti Slovenija ni pravočasno odpravila, je EK leta 2012 proti Sloveniji sprožila predsodni postopek (uradni opomin). Slovenija je leta 2013 in 2016 z vladnim predpisom dopolnila predloge omrežja Natura 2000. Evropska komisija je preverila dopolnitve in sedaj postopek kot uspešno rešen zaključila.
Slovenija za dokončno zadostnost določitve območij Natura 2000 za vse vrste in habitatne tipe potrebuje le še znanstvene rezultate v tistem delu, kjer ima znanstveni pridržek.