Omrežje Natura 2000 vstopa v obdobje, za katero bosta ključna učinkovito upravljanje in obnova območij. Stanje je ugodno le za 17 odstotkov vrst in habitatov evropskega pomena. Do pomembnega izboljšanja bo prišlo le, če bodo za Naturo 2000 ustrezna finančna sredstva.
Za financiranje omrežja Natura 2000 so odgovorne države članice, vendar 8. člen Direktive o habitatih predvideva tudi sofinanciranje Evropske unije. Doslej je bilo to vključeno v različne finančne inštrumente EU, vendar z omejenim uspehom. Evropska komisija zato sredi leta 2011 načrtuje nov dokument, s katerim bi povečali uspešnost financiranja Nature 2000.
Evropska komisija deležnike – posameznike in organizacije - vabi, da do konca januarja sporočijo svoje poglede in predloge. Več - vprašalnik.