Občina Sežana je leta 2009 na Ustavno sodišče RS naslovila zahtevo za oceno ustavnosti in zakonitosti Uredbe o dopolnitvah Uredbe o posebnih varstvenih območjih (območjih Nature 2000). Zahtevo je utemeljila s pristojnostjo lokalnih skupnosti, da lahko sprejemajo občinske prostorske akte, s katerimi se določajo pogoji in merila za posege v prostor.
Vlada RS je 18. oktobra 2011 sprejela stališče, da je pobuda neutemeljena.
Pobudo za oceno ustavnosti in zakonitosti Uredbe o dopolnitvah Uredbe o posebnih varstvenih območjih (območjih Nature 2000) je istega leta na Ustavno sodišče naslovila tudi Občina Divača. Svojo pobudo je utemeljila s pristojnostjo lokalnih skupnosti na področju prostorskega načrtovanja in omogočanja pogojev za gospodarski razvoj skladno z določbami Zakona o lokalni samoupravi.
Tudi ta pobuda je neutemeljena, ugotavlja Vlada RS v stališču, ki ga je sprejela 18. oktobra 2011.
V obeh stališčih Vlada opozarja na prakso sodišča Evropske skupnosti (ki je sestavni del pravnega reda Evropske unije). Sodišče namreč v zadevi C – 388/05 Komisija proti Italijanski republiki zelo jasno opredeli obveznosti držav članic, ki izhajajo iz Direktive o pticah v povezavi z Direktivo o habitatih.