Slovenija bo z operativnim programom dosegala enega od ciljev EU, to je, zagotavljanje ugodnega stanja ohranjenosti evropsko pomembnih rastlinskih in živalskih vrst ter habitatnih tipov. Z izvajanjem programa bo Vlada RS prispevala k doseganju ciljev trajnostnega razvoja.
Z operativnim programom so podrobneje opredeljeni varstveni cilji in ukrepi na območjih Natura ter pristojni sektorji in odgovorni nosilci za izvajanje varstvenih ukrepov. S tem se želi tudi omogočiti horizontalne povezave s strateškimi načrti in razvojnimi programi.
Slovenija je ena izmed biotsko najbolj raznovrstnih držav, kar potrjujejo številne tuje in domače študije. Raznovrstnost se kaže tudi v zelo velikem deležu ozemlja v omrežju Natura 2000. Pregled stanja biotske raznovrstnosti in krajinske pestrosti v Sloveniji pa potrjuje evropske trende ogroženosti biotske raznovrstnosti, čeprav so manj izraziti kakor v razvitih srednjeevropskih državah.
V okviru določitve območij Natura 2000 v Sloveniji je bila pripravljena do zdaj najobsežnejša pregledna ocena stanja teh vrst in habitatnih tipov in ohranjenosti posameznih izstopajočih območij. Te ocene so bile tudi podlaga za pripravo operativnega programa, ki ga je sprejela vlada.
Operativni program določa podrobne varstvene cilje, ki se v glavnem nanašajo na notranja območja območij Natura 2000. Izhajajo iz varstvenih ciljev, določenih z Uredbo o posebnih varstvenih območjih (območjih Natura 2000), in varstvenih ciljev za ohranjanje habitatov ogroženih rastlinskih in živalskih vrst ter habitatnih tipov, ki se prednostno ohranjajo v ugodnem stanju.
Program določa tudi varstvene ukrepe oziroma usmeritve za doseganje varstvenih ciljev, in sicer za vsako območje Natura posebej, pri čemer je nabor ukrepov določen glede na značaj območja Natura. Varstveni ukrepi so razdeljeni na:
- ukrepe varstva narave,
- ukrepe, prilagojene rabi naravnih dobrin, s katerimi se dosega varstvene cilje,
- ukrepe, prilagojene kmetijske prakse, s katero se dosega varstvene cilje,
- ukrepe oziroma usmeritve upravljanja voda, s katerimi se dosega varstvene cilje.
Operativni program določa tudi kazalce, ki se morajo redno spremljati, zato da se ugotavlja učinkovitost ukrepov glede doseganja ugodnega stanja rastlinskih in živalskih vrst, njihovih habitatov in habitatnih tipov.