V okviru LIFE Integriranega projekta za okrepljeno upravljanje Nature 2000 v Sloveniji, ki ga vodi Ministrstvo za okolje in prostor skupaj s 14 partnerji, potekajo pilotni projekti na osmih območjih Nature 2000.
S pilotnimi projekti, ki vključujejo neposredne terenske aktivnosti, prispevamo k izboljšanju upravljanja območij Nature 2000 in zmanjšanju ogroženosti vrst. V 8-letnem obdobju trajanja projekta LIFE-IP NATURA.SI bodo ti pilotni projekti potekali v treh pilotnih območjih:
Pilotno območje Kamniško-Savinjske Alpe in Grintavci vključuje dve Natura 2000 območji in 14 slovenskih občin. (link na podkategorijo)
Pilotno območje Istra zajema eno Natura 2000 območje in poteka v 2 občinah, in sicer v Piranu in Kopru. (link na podkategorijo)
Na Štajerskem ležita dve pilotni območji, ki se delno prekrivata, in sicer travišča Štajerske in Dravinja s pritoki, kjer je vključenih 5 Natura 2000 območij v 12 občinah.